Agost de l'any 2011. Ha passat un any d'ençà que en Rintarô Okabe va aconseguir passar a la línia d'univers de l'Steins Gate, un món on ell no ha existit mai, però els seus amics, d'alguna manera, el recorden i el necessiten. Seria bo fer-lo tornar? Els salts temporals d'en Rintarô li han passat factura, i provoquen una crisi que altera la vida dels seus amics. La Suzuha arriba del futur amb un pla per reconduir la situació, però això posa la Kurisu en un dilema personal i científic.