La protagonista de Shoujo Kakumei Utena és Utena Tenjo, una noia que de petita va conèixer un príncep. El qual li va donar un anell i va prometre que un dia aquest mateix anell faria que es retrobessin. Utena va quedar tan impressionada d'aquella trobada que amb el temps va voler ser ella mateixa un príncep. La història comença quan Utena comença a estudiar en l'elitista Acadèmia Ohtori, sabent que el seu príncep possiblement el trobaria allí. El fet que Utena vesteixi com un noi, tingui un caràcter molt més directe i rebel que la resta de noies, a més d'un rendiment superior al dels nois en gairebé qualsevol esport, juntament amb un físic destacable, fan que Utena sigui una de les alumnes més admirades, i no trigarà a cridar l'atenció dels Membres del consell d'estudiants, els quals formen part de l'elit de l'acadèmia.