Ambientada abans del final de Naruto, la pel·lícula se centra en l'equip ninja de Naruto Uzumaki mentre parteixen en una missió per evitar que la lluna caigui i rescatar la Hanabi Hyuga, la germana de la Hinata Hyuga, d'en Toneri Otsutsuki, un home que vol casar-se amb la Hinata i castigar la humanitat per haver convertit el txakra en una arma.