Infectat per un virus, el Xana, el superordinador que controla el món digital (Lyoko) vol destruir la Terra. Aelita, l'única humana virtual que habita sobre Lyoko li planta cara. Lyoko és un món virtual creat per Franz Hopper, enginyer informàtic i antic professor de l'escola Kadic, que està format per 5 territoris: la banquisa, el bosc, el desert, la muntanya i el cinquè territori. Cada un posseeix torres que són bases de dades que Xana activa per enviar virus a la Terra.