Ambientada dos anys després del final de la sèrie, les Tortugues Ninja s'enfronten al seu repte més gran quan un misteriós desconegut arriba del futur amb un avís terrible. Leonardo es veu obligat a aixecar-se i liderar els seus germans, Raphael, Donatello i Michelangelo en una lluita per salvar el món dels krang, una espècie alienígena terrorífica