Any 2371. Transportada al quadrant delta per una força hostil que ha matat la meitat de la seva tripulació, la capitana Kathryn Janeway es veu forçada a fer un pacte amb la tripulació d'una nau d'oficials renegats de la Federació, coneguts com Maquis. Mentre la tensió entre els Maquis i els oficials de la Flota Estel·lar esclata en violents incidents ocasionals, la tripulació ha d'enfrontar-se a perills majors i més mortífers, sota la forma de misterioses anomalies espacials que amenacen de destruir la nau més d'una vegada. També hi ha les violentes i amenaçadores races locals, com els bel·licosos kazon, i els sinistres recol·lectors d'òrgans de la Sodalitat Vidiiana. En posar rumb de tornada a casa, la capitana Janeway i la seva tripulació s'embarquen en un excitant i perillós viatge a través de l'espai.