La victòria de l'almirall Kirk sobre Khan i la creació del planeta Gènesi són triomfs inútils. Spock ha mort i McCoy, inexplicablement, s'ha tornat boig. Una visita de Sarek, el pare de Spock, revela quelcom esglaiador: McCoy està albergant en el seu cos l'essència vital de Spock. Kirk tracta d'ajudar als seus amics, segresta l'Enterprise i desafia la quarantena imposada per la Flota Estel·lar en Gènesi. Però els Klingon també descobreixen l'existència de Gènesi i van a la trobada de Kirk en una cita que podria ser mortal.