Appleseed té lloc al segle XXII, després que la Tercera Guerra Mundial hagi portat a la destrucció de la majoria de la població de la Terra. Mentre que països com la Gran Bretanya, els EUA i la Xina tenen dificultats per mantenir l'ordre i el poder, les organitzacions internacionals com la "República Sagrada de Munma" i "Poseidó" s'han establert com a conseqüència. Els personatges principals són Deunan Knute i Briareos Hecatonchires, antics membres del SWAT i la LAPD. Es troben a la ciutat desolada i convidats a unir-se a la prestigiosa organització ESWAT (Extra Special Weapons And Tactics) a la utòpica ciutat de l'Olimp, l'estat més poderós del nou món. Aproximadament la meitat de la població de l'Olimp està augmentada biònicament. La sèrie segueix a Deunan i Briareos mentre protegeixen la seva nova llar de les amenaces tant estrangeres com nacionals a la seva seguretat.