La Yui és la típica estudiant que viu en un futur on tots els ordinadors es recolzen en una sola xarxa global coneguda com A COMNET. Yui és una ignorant en ordinadors que després d'un accident informàtic és abordada per IR, un programa d'ordinador corrector que li diu que ha de salvar COMNET. Ha d'aturar el programa informàtic d'Intel·ligència artificial conegut com a Grosser i els seus programes de banc per apoderar-se del món. Grosser va ser dissenyat originalment per ser el directori de tota COMNET. En un principi està molt poc inclinada a fer dl'heroïna a causa de la seva completa manca de coneixement i habilitat amb els ordinadors. Per salvar A COMNET ha de trobar i guanyar la confiança dels altres set programes correctors. També han de trobar al creador o professor COMNET Inukai, per ajudar a aturar Grosser per sempre.