A la Terra sota els Núvols, més enllà de les muntanyes, hi ha una nau secreta i errant on el savi Mestre Ninja entrena una nova generació de guerrers per posar fi a l'hegemonia del senyor Ashida, el malvat senyor de la guerra que vol transformar la natura segons la seva voluntat amb l'ajuda de la seva neta, la Shoko, i un exèrcit de samurais ferotges. El Mestre entrena els Mini Ninges, un grup de sis orfes sense gaire experiència, però amb moltes ganes d'aprendre i amb uns poders màgics força sorprenents. El Hiro, el Futo, la Suzume, el Tora, la Kunoichi i el Shun, sempre acompanyats per la guineu Guillot, planten cara a les forces del mal amb valentia, astúcia i, gràcies al seu gran Mestre, cada dia amb una mica més de saviesa.