Durant un viatge a Yokohama, Kenshin entaula amistat amb un guerrer anomenat Shigure, casualment a la guerra civil que va precedir el naixement de l'era Meji tots dos es trobaven lluitant en diferents bàndols. Tots dos semblen compartir el mateix menyspreu per la violència que el conflicte armat va generar, però les veritables intencions de Shigure són diferents de les seves. Amb l'objectiu d'impedir un nou vessament de sang, Kenshin posa rumb cap a Tòquio. Allà descobrirà que els fantasmes del seu passat encara el persegueixen.