L'any 2029, elements químics com l'oxigen, el carboni, l'or, el molibdè i el cobalt estaven desapareixent contínuament de la Terra. Aquests elements que van desaparèixer van acabar alterant el medi ambient, provocant la destrucció de diverses cases, ciutats i fins i tot països sencers. Els investigadors van descobrir que els elements desapareguts es van drenar a un planeta anomenat Nega Earth, situat en una altra dimensió. La desmaterialització dels elements s'estava produint ràpidament; així, per salvar la Terra, tres preadolescents especials escollits pel govern de la colònia espacial van formar els Caçadors d'Elements. La seva feina era transportar-se a Nega-Earth per lluitar contra monstres anomenats Q-EX i recuperar elements perduts. Tanmateix, per les seves pròpies preocupacions, Ren, Chiara i Homi, tres estudiants normals de la Terra, es van unir per convertir-se també en Caçadors d'Elements. Amb l'ajuda de la professora Aimee Carr i Juno, poden ajudar a salvar el seu propi planeta.