La Hitomi, una estudiant de secundària, és transportada de la Terra al món màgic de Gea, on coneix el príncep Van Fanel, i es veu atrapada en la seva recerca per unir els països de Gea contra l'ominós imperi Zaibach. Pel camí, descobreix una habilitat oculta i s'esforça per desvelar els misteris que envolten en Van, el seu passat i la màquina gegant coneguda com Escaflowne.