Seqüela de la sèrie "Sakura, la caçadora de cartes". Han passat uns quants anys i la Sakura Kinomoto comença a estudiar secundària a l'institut Tomoeda amb uns quants amics: la Tomoyo, la Chiharu, la Naoko i en Yamazaki. El primer dia de classe, la Sakura s'endú una bona sorpresa: en Shaoran ha tornat de Hong Kong i també estudiarà al seu institut! Al cap de poc, la noia té un somni molt estrany on apareixen unes cartes transparents i una figura misteriosa. Quan es desperta, veu que les cartes de Sakura s'han tornat transparents. Ella i els seus amics comencen a buscar aquestes cartes noves per capturar-les, unes cartes que fan servir una clau nova i molt més potent.