Una colla de granotes extraterrestres provinents del planeta Keron han vingut a la Terra, que ells anomenen Pokopen, per envair-la, però no ho aconsegueixen de cap manera. El sergent Keroro, tot i que és el líder del grup, és infantil, incompetent i prefereix dedicar el temps a la seva afició preferida: muntar maquetes de plàstic. A part d'en Keroro, el seu escamot té quatre membres més: l'adorable però violent recluta Tamama, el bel·licós però tendre caporal Giroro, l'intel·ligent i trapella alferes Kururu, i el disciplinat però traumatitzat soldat Dororo. El principal obstacle de la seva missió és la família Hinata, que s'acaba fent càrrec de les granotes després que l'exèrcit de Keron abandoni la Terra. En Keroro té encomanades les tasques de la llar i pateix abusos constants de la filla de la casa, la Natsumi. Cada membre de l'escamot es troba a càrrec d'un humà: l'humà d'en Giroro és la Natsumi Hinata, de qui s'enamora; l'humà d'en Keroro és en Fuyuki Hinata, qui considera el sergent el seu únic amic de veritat; l'humà d'en Kururu és en Mutsumi Saburo, que el va descobrir; el d'en Doro és la Koyuki, una ninja, i en Tamama és a càrrec de la Momoka Nishizawa.