La història transcorre en un món dominat per llogarets ninja. En aquests poblets, el paper del ninja es tradueix com el poder de cada país. Cadascun d'ells compta amb el seu llogaret ocult que és on estudien, entrenen, es graduen i es formen. Els ninges utilitzen tota mena d'arts marcials des de la lluita cos a cos a il·lusions o tècniques secretes com ara la manipulació d'elements. El protagonista és un jove aspirant a ninja Uzumaki Naruto, un noi que somia convertir-se algun dia en el líder del seu llogaret (Hokage). No li serà fàcil, ja que quan era només un nadó li fou confiat a dins seu el poder d'un ésser malvat, que antany va causar grans mals al seu llogaret (Konoha) i el qual anirà a poc a poc descobrint i dominant. Per culpa d'aquest poder, en Naruto passa una dura infància amb menyspreu i negació per part dels veïns del seu poble.