El club de bàsquet de l'Institut Teiko, amb més de cent membres i tres victòries consecutives als campionats nacionals, compta amb els equips més potents de la Lliga. Dins la seva gloriosa història, el club va tenir cinc prodigiosos jugadors invencibles --d'aquells que només n'hi ha un cada deu anys-- que van coincidir en el que es coneix com la "generació miraculosa". Però al voltant d'ells corria un estrany rumor. Malgrat ser un desconegut i no constar al registre de partits, hi havia un altre jugador que tenia el respecte dels cinc prodigis: el sisè jugador fantasma.A l'Institut Seirin, dos estudiants de primer any acabats de reclutar demostren que no són jugadors de bàsquet corrents: Taigà Kagami, un prometedor jugador que torna dels Estats Units, i Tetsuya Kuroko, un estudiant aparentment ordinari la falta de presència del qual li permet passar desapercebut. Encara que Kuroko no és atlètic ni pot anotar cap punt, va ser membre de l'equip de bàsquet de Teikou, on jugava com el "sisè home fantasma", que passava la pilota amb facilitat i assistia els seus companys. "Kuroko no Basket" segueix el periple dels jugadors de Seirin en el seu intent de convertir-se en el millor equip de l'escola secundària japonesa guanyant el campionat Interhigh. Per aconseguir el seu objectiu, han de creuar-se amb diversos equips poderosos, alguns dels quals tenen un dels cinc jugadors amb habilitats divines, als quals Kuroko i Taigà fan un pacte per derrotar.