Fox Mulder i Dana Scully són dos investigadors de l'FBI que investiguen casos sense resolució ni explicació, ja sigui per raons paranormals (esperits, criatures estranyes, aliens...) i perquè el govern s'ha encarregat d'amagar tota mena de proves. Quan Mulder tenia 12 anys, la seva germana petita va ser segrestada per uns desconeguts, encara que ell està convençut que va ser abduïda per extraterrestres. Després d'acabar els estudis a la universitat d'Oxford, va ingressar a l'Acadèmia de Quantic, on es va guanyar el sobrenom de "sinistre". Va començar llavors la seva prometedora carrera com a agent de l'FBI encarregat d'investigar els "Expedients X". El 1993 li va ser assignada com a companya l'agent Dana Scully, una metge la missió de la qual consistia a vigilar i en gran mesura poder desacreditar la seva feina. Amb el temps, però, els informes de l'agent Scully comencen a ser favorables per a la croada personal del Mulder.