Una nit, mentre en Nathan dorm, el seu Yo-Kai Watch s'il·lumina i li desapareix del canell. Per si no fos prou, se li apareix un Yo-Kai gat gegant anomenat Meganyan que li demana ajuda per salvar els seus amics perquè, si no ho fa, "ells" s'apoderaran del món. Així doncs, en Nathan viatja al poble de Velló, on viu la seva àvia, a buscar pistes que l'ajudin a aclarir una mica la situació.