Som a l'any 2015, 15 anys després de la terrible catàstrofe que va liquidar la meitat de la població mundial. Ara ens enfrontem a una altra crisi: la Humanitat és atacada per uns invasors no identificats anomenats "Àngels". Qualsevol tipus d'armament es mostra ineficaç, exceptuant el denominat "Camp de terror absolut". Però ara una nova arma ha estat creada, els humanoids Evangelion que necessiten ser tripulats per joves de catorze anys. Shinji Ikari, el fill únic del comandant en cap de l'organització NERV a càrrec dels Evangelion, ha estat seleccionat com el tercer dels "nens".