La jove Asuna no pot oblidar una misteriosa melodia que ha sentit pel seu radi, que utilitza com a díode un vidre que li va deixar el seu pare com a record. Poc després coneix en Shun, un misteriós jove que diu que ve del regne subterrani d'Agartha. Però just quan comença a despertar alguna cosa entre ells, el noi desapareix sobtadament. Amb el desig de tornar-lo a veure, els esdeveniments empenyen l'Asuna a un viatge a Agartha ple d'aventures i perills. L'acompanyen Morisaki, un professor disposat a tot per reunir-se novament amb la seva difunta esposa, i en Shin, el germà d'en Shun. Tots tres emprenen el viatge per una terra llegendària que els ensenyarà a acceptar la pèrdua en un món ple de bellesa i crueltat a parts iguals.