En Conan i la lliga de detectius júnior viatgen a una illa amb en Kogoro, la Ran, la Sonoko i el Dr. Agasa. Aquesta illa és famosa per la història de dues dones pirates i el seu tresor amagat fa 300 anys. El cap de l'oficina de turisme de l'illa convida als nens a resoldre un joc d'enigmes per trobar el tresor amagat de les pirates, mentrestant la Ran i la Sonoko aprofiten per aprendre a bussejar, durant una immersió són testimonis d'un "accident" en què un tauró ataca un submarinista. Pot ser que les dues pirates tinguin alguna cosa en comú amb la Ran i la Sonoko? Es veuran involucrades en un problema i en Conan mirarà de salvar-les.